研究方向

(1) 智能高分子纳米材料跨生物界面(细胞膜、细胞壁)的理论计算和模拟。

(2) 植物细胞壁高分子网络形成机制的多尺度模拟。

(3) 高分子纳米材料作为纳米酶、纳米基因载体、纳米肥料在植物体系的新技术。

目前本人以第一/通讯作者在Biomaterials、Science Bulletin、Science China Life Sciences、Plant Cell and Environment、Nanoscale等较高水平期刊发表SCI论文20余篇，累计影响因子：180+，多篇论文选入期刊的封面文章/年终海报，参编著作1部。

学习、工作经历

2015/07-至今：北京林业大学生物科学与技术学院，细胞生物学学科，讲师、副教授、博士生导师、“林木分子设计育种”北京市高精尖创新中心青年研究员、“北林学者”青年拔尖人才

2010/08-2015/06：北京化工大学，博士 （硕博连读）

承担项目

1. 国家自然科学基金青年科学基金项目“拟南芥中网格蛋白介导的选择性胞吞的调控机制” (2017/01-2019/12), 22万，主持

2. 北京林业大学科技创新计划项目“壳聚糖复合单壁碳纳米管作为林木基因载体的应用及跨细胞转运的分子机制研究” (2021/06-2022/12), 12万，主持

3. 北京林业大学科技创新计划项目“网格蛋白介导的内吞机理的研究” (2015/10-2017/10 ), 7万，主持

4. 国家自然科学基金面上项目“类水滑石纳米材料作为植物细胞跨膜载体的应用研究”（2017/01-2020/12）, 62 万，参与

5. 国家重点研发计划，活细胞大景深纳米尺度单分子成像与示踪功能模块研制（2022/01-2026/10），150万，在研、参与

奖励与荣誉

1. 2024年：指导本科生参加第十届北京市大学生生物学竞赛 北京市级 三等奖

2. 2023年：指导本科生参加第八届全国大学生生命科学竞赛 国家级 全国二等奖

3. 2023年：指导本科生参加第九届全国大学生生命科学竞赛 省部级 北京市一等奖

4. 2023年：教学改革与研究论文 优秀奖

5. 2022年：教学改革与研究论文 三等奖

6. 2022年：教学改革与研究论文 优秀奖

7. 2020年: 北京林业大学本科课程优秀教案 二等奖

8. 2020年：北京林业大学教育教学研究论文 优秀奖

9. 2019年：北京林业大学教学基本功比赛 实践类 三等奖

10. 2017年：第六届“北京林业大学优秀青年学术论文奖” 二等奖

11. 2014年：博士研究生国家奖学金

12. 2012年：硕士研究生国家奖学金

发表论文情况

1. Ye Li(李晔)*, Yezhuo Zhang , Zhun Zhang , Xi Zhang , Hongyang Wu , Man Zhang , Zhuo Li , Yinglang Wan , Yujie Fu , Wei Dong , Ruili Li * , Jinxing Lin*.Nanomaterials as delivery carriers for plants: transport mechanism and design principle. Science China Life Sciences, 2026. https://doi.org/10.1007/s11427-025-3263-x.

2. Yezhuo Zhang，Gai Tian，Jinxing Lin，Yujie Fu，Ye Li(李晔)*. Nanozymes to enhance plant photosynthesis: mechanism, applications, and future prospects. Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2026, 74(8):6593-6611.

3. Yezhuo Zhang, Zhun Zhang, Ye Li(李晔)*. Molecular simulation opens new avenues for decoding the stress adaptation mechanisms in plant-environment interactions. Plant Cell & Environment, 2025, 48(8):5970-5972.

4. Yezhuo Zhang, Zhun Zhang, Zhuo Li, Ye Li(李晔)*. Optimizing design for carbon nanotubes as gene delivery carriers: A computer study. Journal of Molecular Liquids, 2025,432: 127731.

5. Xinyi Mao, Yun Lan, Fangzhou Lou, Zhun Zhang, Qi Jin, Yuandi Jia, Ye Li(李晔)*. Molecular understanding of transmembrane transport of mRNA carried by graphene oxide: Effect of membrane tension. Nanomedicine: Nanotechnology, Biology, and Medicine, 2025, 67:102826.

6. Ye Li(李晔) *, Yezhuo Zhang, Zhun Zhang, Man Zhang, Xinhui Niu, Xinyi Mao, Tongtao Yue, Xianren Zhang*. Clathrin-Mediated Endocytosis of Multiple Nanoparticles Tends to Be Less Cooperative: A Computational Study. The Journal of Physical Chemistry B, 2024, 128: 9785-9797.

7. Lina Fu#, Ye Li(李晔) #, Xinlin Zhang, Jihong Cui, Xuanting Zhao, Jiandong Wang, Quan zhou, Litao Wang, Yujie Fu*. Targeted recognition and enhanced biotransformation of phytochemicals by a dual-functional cellulose-based hydrogel bioreactor. International Journal of Biological Macromolecules, 2024, 281, 136271.

8. Ye Li(李晔) *, Zhun Zhang, Yezhuo Zhang, Jingcheng Hu, Yujie Fu*. Design Principles for Smart Linear Polymer Ligand Carriers with Efficient Transcellular Transport Capabilities. International Journal of Molecular Sciences, 2024, 25: 6826.

9. Zhun Zhang, Yezhuo Zhang, Zhendan Liu, Ye Li(李晔)*. Role of Different Dimensions of Skeleton Proteins in the Endocytosis of Various Shaped Nanoparticles. ACS Applied Nano Materials, 2024,7(23):27185-27196.

10. Ye Li (李晔) *,Man Zhang, Yezhuo Zhang，Xinhui Niu, Zhendan Liu,Tongtao Yue, Wen Zhang. A computational study of the influence of nanoparticle shape on clathrin-mediated endocytosis. Journal of Materials Chemistry B, 2023, 11:6319.

11. Ye Li（李晔）*, Man Zhang, Xinhui Niu, Tongtao Yue*. Selective membrane wrapping on differently sized nanoparticles regulated by clathrin assembly: A computational model. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 2022, 214:112467.

12. Ye Li （李晔）*, Xinhui Niu, Lingzhi Li, Xianren Zhang, Kai Yang* Tongtao Yue*. Size, geometry and mobility of protein assemblage regulate the kinetics of membrane wrapping on nanoparticles. Journal of Molecular Liquids, 2021, 333: 115990.

13. Ye Li （李晔）*, Zengshuai Yan, Jianwei Xiao, Tongtao Yue*. DNA-conjugated layered double hydroxides penetrating into a plasma membrane: Layer size, thickness and DNA grafting density matter. Nanoimpact, 2020, 100222.

14. Ye Li （李晔）, Xianren Zhang, Jinxin Lin, Ruili Li*, Tongtao Yue *. Extracting lipid vesicles from plasma membranes via self-assembly of clathrin-inspired scaffolding nanoparticles. Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 2019, 176:39-248.

15. Ye Li （李晔）# *, Wenlong Bao#, Hongyang Wu, Junya Wang, Yu Zhang, Yinglang Wan, Dapeng Cao, Dermot O’Hare, Qiang Wang*. Delaminated layered double hydroxide delivers DNA molecules as sandwich nanostructure into cells via a non-endocytic pathway. Science Bulletin, 2017, 62: 686-692.

16. Ye Li （李晔）, Bing Yuan, Kai Yang*, Xianren Zhang, Bing Yan, Dapeng Cao*. Counterintuitive cooperative endocytosis of like-charged nanoparticles in cellular internalization: computer simulation and experiment. Nanotechnology, 2017, 28.

17. Ye Li （李晔）, Diwen Feng, Xianren Zhang*, Dapeng Cao*. Design strategy of cell-penetrating copolymers for high efficient drug delivery. Biomaterials, 2015, 52:171-179.

18. Ye Li （李晔）, Xianren Zhang*, Dapeng Cao*. Tailoring nanoparticle hardness to control endocytosis for drug delivery. Nanoscale, 2015, 7: 2758 -2769.

19. Ye Li （李晔）, Xianren Zhang*, Dapeng Cao*. Spontaneous penetration mechanism of patterned nanoparticles across a biomembrane. Soft Matter, 2014, 10: 6844-6856.

20. Ye Li （李晔）, Xianren Zhang*, Dapeng Cao*. The role of shape complementarity in the protein-protein interaction. Scientific Report, 2013, 3: 3271.

21. Ye Li （李晔）, Xianren Zhang*, Dapeng Cao*. Self-assembly of patterned nanoparticle on cellular membrnaes: effect of charge distribution. The Journal of Physical Chemistry B, 2013, 117: 6733-6740.

22. Ye Li （李晔）, Tongtao Yue, Kai Yang*, Xianren Zhang*. Molecular modeling of the relationship between nanoparticle shape anisotropy and endocytosis kinetics. Biomaterials, 2012, 33:4965-4973.

23. Edwin H. Shin, Ye Li （李晔）, Umesh Kumar, Hursh V. Sureka, Xianren Zhang, Christine K. Payne*. Membrane potential mediates the cellular binding of nanoparticles. Nanoscale, 2013, 5, 5879.

24. Gaoxing Su, Xiaofei Zhou, Hongyu Zhou, Ye Li （李晔） , Xianren Zhang, Yin Liu, Dapeng Cao*, Bing Yan*, Size-dependent facilitation of cancer cell targeting by proteins adsorbed on nanoparticles. ACS Applied Materials & Interfaces, 2016, 8: 30037-30047.

25. FaLin Tian, Tongtao Yue, Ye Li （李晔）, Xianren Zhang*. Computer simulation studies on the interactions between nanoparticles and cell membrane. Science China Chemistry, 2014, 57: 1662-1671.

26. 田改，张叶卓，王彦恒，赵媛媛，林金星，李晔*. 纳米肥料类型及其提高农林业应用效应的机理研究进展. 植物营养与肥料学报. 2026.

27. 曲航，张准，张叶卓，刘锡霖，李晔*. 分子模拟技术在植物体系的前沿应用与进展. 生物技术通报. 2026, 42(1): 1-13.

28. 张大瑞，张叶卓，张准，娄方舟，林金星，李晔*. 植物想分离研究的前沿技术进展.生物工程学报. 2025,41(11):4584-4599.

29. 张叶卓，张准，林金星，李晔*. 纳米农药在植物病虫害防治中的前沿技术研究进展. 农业工程学报. 2025,41(9):245-253.

30. 毛馨艺，兰芸，张准，张叶卓，金琪，赵美棋，曾子柽，李晔*. 木质素单体跨膜转运的技术研究进展. 生物技术通报. 2024, 40 (10):198-207.

31. 张曼，张叶卓，何其邹洪，鄂一岚，李晔* 植物细胞壁结构及成像技术研究进展 生物技术通报，2023, 39(7): 19-28.

书籍及章节

Falin Tian, Tongtao Yue, Ye Li (李晔), Xianren Zhang. Simulations on cell uptake of nanoparticles: membrane-mediated interaction, internalization pathways, and cooperative effect, chapter 8 in Self-assembling systems: theory and simulation. John Wiley & Sons: Oxford, UK. 2016.

软件著作权

1. 李晔，具有高效的跨细胞膜转运能力的碳纳米管基因递送载体的筛选预测软件[简称：碳纳米管基因递送载体筛选与预测软件] V1.0, 2025SR1295696

2. 李晔，聚合物修饰的纳米药物载体设计与筛选预测软件V1.0, 2025SR2154126

3. 李晔，具有跨细胞膜转运能力的纳米药物递送载体的形状设计预测软件V1.0，2024SR1272647

4. 李晔，高效的纳米药物载体的尺寸设计预测软件V1.0, 2024SR0869524

专利

1. 李晔，张叶卓，张准，张现仁. 一种基于分子模拟设计和筛选具有高效的跨膜能力的聚合物修饰的纳米药物载体的方法. 2025. 专利号：CN202510060451.2

2. 李晔,张准,张叶卓. 一种用于设计和筛选具有高效跨细胞膜转运能力的短肽药物载体的分子模拟方法. 2025. 专利号： CN202510092247.9

3. 李晔,张叶卓,徐加廷,付玉杰,林金星.一种叶绿体靶向的核壳同质Gd基稀土发光纳米晶用于提高植物光合作用的技术. 2025. 专利号： CN202510324488.1

4. 李瑞丽，赵冉，李晔. 金银忍冬查尔酮合成酶基因及其在提高植物类黄酮含量中的应用. 2024. 专利号：ZL202410921880.X